Евгений!
В именах и расширениях файлов, названиях функций и классов, в других сугубо технических идентификаторах бывает важен не только язык, но и даже регистр букв, расположение знаков подчёркивания или других спецсимволов, поэтому, на мой взгляд, передавать их кириллицей — плохая идея.
Но в вашем случае речь идёт не о расширениях файлов, а о названиях форматов (которые в данном случае совпадают с расширениями), поэтому вы совершенно правильно делаете, что транслитерируете аббревиатуры так же, как это делают с аббревиатурами, скажем, НАСА или ОПЕК.
А вот в кавычки аббревиатуры брать не следует.
