Не критично, но для чистоты я бы выбрал вариант с пустыми чекбоксами (объяснение: в этом случае «фильтр не применяется»).

Я бы вам предложил подумать о том, как избавиться от фильтра или сделать его человечнее. Фильтр — это инструмент визуального конструирования запроса к базе данных. Это, конечно, удобнее, чем писать на языке SQL, но обычные люди так не мыслят. Да и живой продавец «в исходном положении» вряд ли предложит покупателю выбрать из вообще всего.

Сайт мог бы показывать новые и популярные товары, а для узнанного клиента — что-то, что с большой вероятностью заинтересует именно его. Производители могли бы жить в обычным меню. Сайт бы помнил, какими из них интересуется покупатель, и чаще бы показывал их товары на главной. При этом на продуктовой странице были бы похожие товары других производителей.