В папке на сервере можно хранить разнообразные материалы примерно в таком виде:
входящие
рабочие
исходящие
Каждая из подпапок может быть разбита по типам информации («дизайн», «текст», «требования»), а также по версиям.
Наполнение сайта лучше всего иметь в виде собранного прототипа сайта. Так всем понятнее и проще: гипертекст стоит готовить в среде гипертекста. Так может быть сложнее отловить незаполненные страницы, но для этого, наверно, можно использовать специальные служебные страницы, отображающие списки страниц сайта, требующих внимания.
Вот еще идея — сделать внизу каждой страницы прототипа область с комментариями и статусами, доступную для участников проекта.
Не очень понятно, что вы подразумеваете под «анализом переписки». Наверно, удобнее всего видеть переписку с одним клиентом в виде большой простыни, как в Гугль‑мейле, по крайней мере, в одном из режимов. В другом режиме хорошо видеть все письма в виде списка заголовков, но с флажками, отмечающими ключевые письма, например, с отправленными эскизами или со списком замечаний клиента.
