Кажется, тут надо не просто выровнять, а прямо провести эти важные улицы, чтобы было понятно, как всё устроено. Посмотрите на чикагскую схему:

Она, конечно, страшная, но зато понятно, где что проходит.

Не знаю, что ответить на вопрос «что делать с жёлтой веткой на северо‑западе», потому что вы не объяснили, какая у вас с ней проблема, и почему что‑то должно превратиться в мешанину. В следующий раз рекомендую давать пример картинкой.

Заодно скажу, что у вас весьма неудачные обозначения пересадок. На вид непонятно, в чём принципиальная разница между Спадиной и Сент‑Джорджем. Спадина кажется обычной пересадкой, а Сент‑Джордж — пересадкой без перехода, как будто поезд подойдёт на ту же платформу. Кеннеди вообще можно не заметить и подумать, что линия идёт прямо до Маккована, особенно в чёрно‑белой версии, которую вы тоже показываете. Лучше на Кеннеди нарисовать гантельку для того, чтобы было видно, что там точно есть пересадка, а на Спадине сделать несомненно‑длинный коридор, и именно его подписать. У вас такое место — одно на схеме, так что убирать объяснение в легенду нет смысла.