Даже в вашей системе такие переплетения городить было ни к чему. Когда у двух линий возникает общая станция без пересечения, есть смысл нарисовать вот так двумя кружками для большей понятности происходящего. То же самое на станции Atlalilco надо сделать. Ещё я убрал у вас прилипшие к линиям номера маршрутов, когда пересадка одновременно является и конечной.

Но в целом мне кажется, что ваша система слишком навязчива и противоестественна.