Недостаточно контекста, чтобы понять, что здесь вообще за интерфейс, как и для чего им пользуются. Без этого любое изменение будет просто костылём.
Если бы в состоянии на картинке я захотел выделить всё в папке «Рассылка», я бы нажал на чекбокс слева от «Рассылки», ожидая, что выделится всё и внутри тоже. Как я понял, у вас сработает не так, потому что выделение родительского чекбокса не связано с выделением дочерних. Тогда бы я стёр запрос из поля фильтра, чтобы показались все дочерние элементы, ожидая, что, по крайней мере, прокрутка не слетит, и выделенный элемент «Рассылка» останется в поле зрения. После этого бы снял чебокс с «Рассылки» и расставил бы всем дочерним элементам. Попробовал бы по‑фотошопному расставить все чекбосы одним движением.
Если людям часто надо выделять все элементы в папке, не выделяя саму папку, то безотносительно к фильтру есть смысл предусмотреть для этого элемент «Выделить все». А дальше уже убедиться, что он остаётся видимым даже при фильтрации. В режиме фильтрации также полезно его назвать «Выделить все (67)», чтобы было очевидно, что он выделит не только прошедшие фильтр 2 элемента.
И всё же надо понять, почему часто возникает задача выделить все дочерние элементы, не выделяя родителя. Возможно, вместо мучения с выделением нужно предусмотреть действие над дочерними элементами. Допустим, люди часто это делают, чтобы удалить все элементы в папке, не удаляя саму папку. Тогда есть смысл просто предусмотреть кнопку «Очистить папку» и не городить все эти сложности с выделением.