Подстраничные и концевые сноски могут иметь разное назначение. Причём вы можете сами решить, как их разделять.
Например, вы решите, что концевые сноски будут только на то, что можно прочитать для дальнейшего изучения темы. Допустим, автор пишет: «Этот феномен подробно описан в работе такой‑то группы учёных». И вот я дочитал статью и в конце вижу, что мне можно углубиться в тему — прочитать тех ребят.
А в подстраничных сносках, например, вы решите оставить обосновывающие ссылки. Читатель знакомится со статьёй и такой: «А с чего вы это взяли?» — а вы ему тут же ссылочку.
Можно и наоборот: в конце обоснования, а по ходу текста — всё для расширения кругозора.
В чём боль концевых сносок. С точки зрения читателя концевые сноски дьявольски неудобны: ты дочитал до конца, и вот тебе кладбище ссылок. К чему они относятся? Что подкрепляют? Нужно ползти обратно в текст и сопоставлять. Так делать никто не будет. Поэтому я бы избегал концевых сносок там, где мы претендуем на внимание читателя. Если такой задачи нет и сноски нужны просто для порядка — пусть лежат в конце.
Хитрость с подстраничными сносками. Если будете пользоваться подстраничными сносками, вам придётся ставить к ним цифры. Читателю придётся искать цифру глазами в тексте и в сноске, бегать взглядом туда‑сюда. А если сноска будет на полях сразу возле нужного абзаца, будет в тысячу раз удобнее. Посмотрите, как это сделано в журнале «Юрист компании».