То, что вы ищете, называют системами и программами ведения и управления персональными знаниями и заметками. Их сотни и тысячи. Расскажу, чем пользуюсь я и что успел попробовать.

В качестве метода ведения заметок и накопления знаний я использую цетелькастен — «карточную» систему иерархически пронумерованных заметок, связанных друг с другом нумерацией. Пробовал PARA (Projects, Areas, Resources, Archives) и Roam, но не подошли: в первом угнетает структура, во втором — бесконечные графы из одного абзаца.

В качестве программы управления персональными знаниями я использую Обсидиан. В нём несложно реализовать цетелькастен, а сами заметки и их ресурсы хранятся в обычных файлах в Айклауде: легко синхронизировать между устройствами и бэкапить.

Кроме Обсидиана советую попробовать:

P. S. Если этого списка мало, гуглите note‑taking apps и personal knowledge base.