Чаще всего это не важно.

Но дизайнеру для хорошего сна нужен порядок, поэтому можно его придумать: например, располагать линии с учётом их реальной глубины или по времени открытия.

Я смотрю в первую очередь на читаемость. Если линия изгибается или кончается рядом с местом пересечения, то её лучше нарисовать выше. Вот здесь светло-голубая кончается, а синяя изгибается:

Глазу не хватает правого куска светло-голубой, чтобы понять, что к чему. Лучше её вытащить наверх целиком:

Прямую тоже легче считывать даже с разрывами, а вот изгиб лучше сделать явным:

А ещё можно представить, что линии — из плёнки и просвечивают. Так и не скажешь, кто выше:

Может выглядеть интересно, но это явно добавит шума, поэтому на сложных схемах использовать не стоит.

Также шума добавляют всякие обводки:

Почти всегда лучше без них.