Порядок линий должен быть таким, чтобы присоединяющиеся или отсоединяющиеся маршруты не образовывали дыр в пучке, потому что с дырами смотрится плохо:

Это значит, что все выливающиеся из пучка маршруты должны проходить в нём с одной из сторон, а не в середине. Например, так:

Тогда после отсоединений пучок остаётся «собранным». Другой вариант решения такого же фрагмента:

В обоих случаях я ещё поменял порядок всех остальных маршрутов так, чтобы сохранялся контраст между соседними цветами, иначе глазу трудно следить за определённой линией. При этом от соседства синего и зелёного маршрутов в обоих вариантах избавиться не удалось — такого оставлять в финальном дизайне нельзя, с этим надо будет что-то делать.

Обратите ещё внимание на то, что линии выливающихся маршрутов всегда нарисованы «над» линиями пучка.

Если на одном перекрёстке из пучка выливается один маршрут и вливается другой, то им не обязательно быть с краю, один может заменить другой прямо в середине пучка:

Конечно, дыры после поворотов можно устранить склеиванием пучка:

Но это выглядит неэлегантно.

На таком кусочке кажется, что ничего особо сложного нет. Весело становится, когда нужно во всём городе отсортировать маршруты исходя из этого требования, и при этом обеспечить контраст всех соседних цветов во всех пучках.