Для начала надо подобрать цвета, которые лучше работают в пучке, например:

А дальше нужно настроить z-порядок линий на перекрёстках.

Чтобы глазу было легче следить за линией, важно, чтобы её изгибы были хорошо видны, а не прятались за другими объектами. Я уже рассказывал о том, что изгибы не должны прятаться под обозначениями станций. То же самое касается и других линий. Короче, поворачивающие линии должны быть ближе к зрителю, чем прямые.

Показал, как «проявить» повороты, на выделенном кусочке:

Тут ещё проблема с порядком линий в самих пучках: после перекрёстков остаются дыры, а не должны бы. Так что после пересортировки придётся заново искать хороший z-порядок.