Игорь, в целом схема очень приятная!

Больше пересадок в метро меня смущают ваши пересадки между метро и электичкой (Берестейская, Сырец, Петровка и т. д.). Там кажется, что у электички есть сначала одна остановка без названия, а потом ещё остановка, совпадающая с метро. Я предполагаю, что на самом деле никакого перехода там нет, и поэтому линию электрички нужно проводить не через станцию, а рядом::

Чтобы сделать понятнее переходы внутри метро, которые вас беспокоят, я бы также разнёс линии, чтобы каждая из них проходила именно через свою часть перехода, а не через середину. Названия станций при этом стоит подвинуть ближе к их обозначениям:

Кстати, пеньки стоит тоже несколько уменьшить (и они у вас разной длины в разных местах).

Наконец, я бы убрал обводку вокруг Днепра. Во-первых, она просто добавляет шума и мешает реке уйти на второй план, а во-вторых, видите, это именно она соединяет линией Арсенальную с Майданом.