Ярослав!

На мой взгляд, ответы на все эти вопросы являются дизайнерскими решениями, а значит в их принятии крайне желательно участие дизайнера. Нужно знать контекст и иметь представление об аудитории, так что мои дальнейшие рассуждения могут оказаться неподходящими для конкретной задачи.

Я думаю, что подход «всё должно работать и без Джаваскрипта» уже несколько устарел. Если создание бесскриптовой версии стоит существенных трудозатрат, то стоит подумать, окупятся ли они.

Но это не значит, что можно вести себя так, будто скрипты всегда есть — по-прежнему стоит думать об их выключенности. Правда уже в другом ключе, например, учить пользователя их включать обратно или просто убеждаться, что страницы хотя бы не разваливаются. В каких-то случаях можно сделать доступной без скриптов только самую важную функциональность, а остальное аккуратно спрятать, чтобы предотвратить глюки.

Что касается Флеша, то требовать его сегодня в большинстве случаев — просто неприлично.