Виталий!

Я согласен: одинокое спасибо в письме часто выглядит не как искренняя благодарность, а как формальное следование этикету, которое просто отнимает время.

Чтобы адресат почувствовал заботу, сделайте письмо информативным:

«Дима, спасибо, файлы получил. Теперь мне понадобится два дня, чтобы распарсить и проверить данные. В пятницу, как и договаривались, пришлю результат на проверку уже на боевом сервере».

«Сергей, оплата дошла, всё в порядке. Пишите, как придут новые каталоги, будем рады оперативно добавить их на сайт».

Если вы просто хотите поблагодарить за оказанную услугу, напишите несколько искренних предложений, как именно вам стало лучше:

«Илья, спасибо за подробное разъяснение темы из лекции. Теперь у меня появилось чувство, что я разобрался. Тренирую ваши приёмы в работе, уже ощущаю большой прогресс!»

Такую благодарность приятно получить.